V Bourneovu ultimátu agent Jason Bourne zlikvidoval tajný a kontroverzní vládní program společně s jeho tvůrci. Šlo však jen o špičku ledovce, pod níž se ukrývá mnohem sofistikovanější systém tajných operací, kterému šéfuje Byer (Edward Norton). Chladnokrevného profíka události kolem Jasona Bournea rozhodně nenechávají chladným, a tak se pro jistotu rozhodne bezpečně pohřbít podobný program dřív, než mu taky přeroste přes hlavu. K jeho smůle však jinak precizní čistící operaci přežije právě Aaron Cross a také vědkyně Marta Shearing (Rachel Weisz), která měla na starost jeho vědeckou část. Ti dva se navíc spojí a to je pro Byera smrtící hrozba, mnohem větší než ta, kterou představuje Bourne. Cross je taky z pořádně nepoddajného materiálu a oproti Jasonovi má tu výhodu, že si všechno pamatuje.